Jakub Záhora absolvoval doktorské studium mezinárodních vztahů na Fakultě sociálních věd Univerzity Karlovy, kde následně působil jako akademický a výzkumný pracovník. V minulosti byl hostujícím výzkumníkem na univerzitách v Izraeli, USA a Německu. Věnoval se například empirickému výzkumu sebepojetí izraelských osadníků na Západním břehu Jordánu. Je výzkumným pracovníkem Peace Research Center Prague a spolupracuje s Asociací pro mezinárodní otázky.